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海产养殖不合理会引发赤潮，破坏生物多样性，破坏外部海域的生态系统平衡，水污染等污染。只要有养殖活动就必定会产生污染，关键还是在于人类如何进行处理和防护。
海产养殖对养殖范围的影响众所周知在海产养殖的养殖区内其实也构成了一个生态系统，主要靠人工进行维系。通常情况下，养殖区和海水的交换频率较低，因为养殖区多在海域较为平稳的地区，由此导致养殖区内的自主进化能力较差。如果养殖较为密集，各种饲养时残留的饲料和海产的排泄物就会堆积，在相对密闭的环境下就会导致化学作用的发生，最终形成养殖范围内的污染，引发赤潮和各类污染事件。最终导致海产的大量死亡，甚至污染外部海域。
海产养殖对外部海域的影响海洋的生态系统有着自己的自净能力，但是如果受到人类的过度感染也会出现失衡。在海产养殖过程中，养殖者将废水废物往外海排放，里面都包含这大量的营养物质。倘若没有进行良好的控制和处理，就对导致海水富营养化，海内生物无法进行正常的氧气交换，进而影响生态平衡。海水富营养化就会引发赤潮，赤潮对于整个海洋生态系统是十分可怕的。
在海产养殖的过程中也会出现养殖海产因为各种不可预测的因素而外逃的情况，进入外部海域。养殖海产和海洋内的野生海洋生物存在极大的差异，会对整体海洋的生物数量和安全等方面产生极为严重的负面影响。如果出现物种交配的情况，有可能会出现基因变异并携带病菌，会造成某种物种的灭绝。
海产养殖产生的严重污染主要还是因为养殖着重于经济利益，由此获得增加产量就盲目地增加养殖密集度从而导致以上各种问题的发生。因此在养殖过程中应该把握尺度，在与自然生态系统相互协调的情况下在进行海产养殖。
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