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目前，针对畜禽粪便一般有以下几种处理方法：
（1）肥料化处理法
就是将畜禽粪便经过处理后，将畜禽粪便作为有机肥料，应用于土地。该种方法主要包括：土地还原法（粪便处理后施用于土地）、腐熟堆肥法（粪便堆放发酵，利用自身产生的温度来杀死虫卵和病原菌）、生物处理法（微生物无害化活菌制剂发酵技术处理畜禽粪便）。随着人们对无公害农产品的需求增加和可持续发展的要求，对于优质有机肥的需求量也在不断扩大，畜禽粪便制造有机肥的市场潜力很大。
（2）饲料化处理法
由于畜禽粪便含有大量未消化的蛋白质、B族维生素、矿物质元素、粗脂肪和一定数量的碳水化合物，特别是粗蛋白质含量较高，具有很高的营养价值，主要的处理方法有微波法、高温干燥法、青贮法、化学法（用福尔马林、乙烯、氢氧化钠）等，将畜禽粪便经过高温高压、热化、灭菌、脱臭等过程制成饲料添加剂。
（3）能源化处理法
畜禽粪便的厌氧消化处理，是在厌氧细菌的作用下，有机物转化为价值很高的沼气和二氧化碳，具有能耗低、占地少、负荷高等优点，是一种理想有效的处理粪便和资源回收利用的技术。该技术可以提供清洁能源沼气，解决中国广大农村能源压力，还能消除臭气、杀死致病菌和虫卵，在一定程度上解决大型畜牧养殖场粪便污染的问题。另外，还可以提供优质无害的肥料，其发酵原料或产物可以生产优质饲料，发酵液可作为农作物生长所需的营养添加剂。畜禽粪便中含有大量的能量，利用发酵沼气不仅可使畜禽粪便中的能量转化成可燃气体，还可避免粪尿的肥分损失。
（4）低等动物处理法
利用低等动物（家蝇、蛆、蜗牛等）饲喂处理畜禽粪便等废弃物。采用封闭方式培养蝇蛆，立体套养蚯蚓、蜗牛，在分解大量废弃物的同时，也提供了优质的动物蛋白饲料（蝇蛆和蛆）及有机肥来达到处理畜禽粪便的目的。这种处理方法经济、生态效益显著，缺点是前期畜禽粪便需进行脱水等处理，后期蝇蛆收集不易，饲喂蚯蚓、蜗牛的技术难度高，所需温度苛刻，难以全年生产，劳动力投入大，故尚未广泛推广应用。
（5）其他治理利用技术
可以利用生物学及生态学方法，综合治理环境污染，以减小或消除环境污染物的排放，尽可能地利用养分和能源，将几种方法组合起来。
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