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食用牡蛎与珍珠贝之间的亲缘关系就好像人类与狨猴之间的那样，并不是靠得很近。它们都是双壳类软体动物，固着在浅海地带的岩石上，以过滤水流中的海藻为食，但是它们在分类上属于完全不同的目，而且二者中只有一类能够生产达到商业尺寸和价值的珍珠。珍珠贝与扇贝的亲缘关系比较近，生活在热带海洋中，而且体型较大，可以食用。
另一个普遍的误解是，珍珠的形成是由于一颗沙砾进入了贝壳里面。如果事实果真如此，那么珍珠就会是平凡的物品，而不会成为具有很高价值的稀世珍宝。珍珠贝生活的环境中充满了沙砾，它们生活在沙砾的世界里，毫无疑问，它们在生活中会不停地吸入和吐出沙砾。珍珠的形成是由更重大的外来物体侵入刺激所引起的。这些侵入物体可能是一些小的碎片，例如骨头、贝壳或者珊瑚的碎片，但是在大多数情况下，这种侵入在很大程度上是蓄意造成的。珍珠贝被各种各样的寄生物所困扰，包括多种蠕虫、海绵和贻贝，它们钻透珍珠贝的贝壳，这种严重的刺激正是诱发珍珠形成的原因。
一旦被寄生物侵入，珍珠贝就会把寄生物隔离在“珍珠液囊”里。它的整个壳体的里层被一种膜所覆盖，叫做套膜，由它来分泌“珍珠母液”，也被称作珍珠质，这是一种令人惊奇的物质，坚固并且有韧性、具光泽，形成机理是把碳酸钙晶体包裹在了类似于角蛋白一样的有机分泌物的夹层里。通过不断地包埋这个外来的异物，结果就形成了一颗珍珠。珍珠质每天可以形成4层之多，但是完成一个厚度达15毫米的珍珠质需要2年的时间；而要形成一颗珍珠，则需要15～20年。这就是为什么一吨的珍珠贝可能仅仅生产出3粒珍珠，而且毫不夸张地说，它们能成为完美无瑕的球形珍珠的可能性只有百万分之一。一个单个的珍珠贝可能会有多种情况发生，在野外它们能自然存活80年。
因为珍珠的稀有和美丽引发了关于它们起源的许多传说。一种说法是，珍珠贝在早晨晒太阳的时候，露珠滴到了它们体内；另一种说法是，它们是胆石或者水晶天使的眼泪；还有一种说法是，来自闪电霹雳。最早提出“沙砾”的说法是在17世纪的意大利，后来在19世纪海洋学家又提出是珍珠贝死亡的卵。直到20世纪的头10年，才有法国和日本研究者确立了“珍珠囊”的理论，在这种理论指导下首次培育出了人工珍珠。
大部分现代珍珠是人工养殖的；珍珠养殖是一个巨大的全球性产业，每年的营业额超过3亿英镑。珍珠养殖的过程是漫长的：打开每一只珍珠贝的贝壳，把一小粒蚌壳碎片和一小块取自其他珍珠贝的套膜小心地植入它的性腺，当蚌壳碎片与周围的组织融合在一起以后，就进入了刺激产生“珍珠囊”的过程，珍珠质不断包裹最初的小粒。两年后就会得到一粒与天然珍珠没有区别的人造珍珠，只是不能太用力刮擦它。
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