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三元猪作为种猪，遗传基因会发生分离和重组，后代性能不均匀：优良基因结合在一起，优良性能不能完全叠加；有些不好的基因（往往都是隐性基因——在杂交状态下，这些不好的隐性基因都被优良的显性基因所掩盖，不会表现出其本身的不良性状）结合在一起，就会降低生产性能，甚至表现出遗传缺陷（遗传病）。所以，用三元猪做种，虽然可以减少购买种猪的成本，但其后所发生的比较成本要高得多（生长速度、饲料利用率、体型等指标至少降低5%）。
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