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生物信息学在水产养殖中有应用有遗传育种、水产动物营养与饲料。根据查询相关公开信息显示：水产养殖业的发展一直受到种质退化的严重制约，将分子标记技术应用于水产动物遗传育种的研究，有利于防止种质退化、选育优良品种和对养殖品种的遗传改良，有利于野生种质资源的恢复保护，从而使水产动物健康养殖走上可持续发展的道路，利用生物技术生产的饲料添加剂，对促进养殖动物的生产性能，提高养殖动物的健康水平有重要作用，利用生物技术可开发饲料源，扩大蛋白质饲料来源，提高饲料的营养价值及利用率，促进养殖业的持续健康发展。
我国农村畜禽养殖发展方式粗放，资源消耗高、浪费大，畜禽粪便还田比例低，环境污染较为严重，其COD排放量是工业和生活污水COD排放量的5倍以上。对此，笔者提出农村畜禽养殖污染防治的一些思路。 一是加大对农村畜禽养殖环境保护的支持力度，增加资金投入。对示范村、先行村，建议采取“以奖代补”的方法，在畜牧用地、治理技术、工程资金方面应给予专项优惠政策;对原来污染突出但经过整治见到成效的地方，实行“以奖促治”;对按时完成治理目标、考核情况较好的地区，优先安排“以奖促治”资金。 二是加大农村环保宣传教育与培训力度。加强农村基层干部群众的环境知识培训，提升乡镇领导干部的环境保护意识。充分利用广播、电视、报刊、网络等各种载体，广泛宣传农村畜禽养殖环境保护知识，使畜禽粪便治理工作成为农村干部和农民群众的自觉行动。 三是严格环境准入政策，开展农村生态养殖示范创建活动。鼓励各乡镇积极创建环境优美乡镇、生态村，开展健康养殖示范场创建活动。畜牧产业区域布局按照生态农业发展的要求，进行统一规划，把畜牧场与农田、鱼塘、园地一并规划。在制订畜禽养殖环境保护规划时，对新、改、扩建的规模化畜禽养殖场严格执行环评和“三同时”制度，加大规模化畜禽养殖污染治理力度。划定禁养区和养殖小区，实行规模养殖场和养殖小区三级审查制度，对分散养殖户采取建设户用沼气池的方式治理养殖污染，对规模养殖场则按照土地耕种面积、地形条件确定养殖规模，规划相应的养殖小区。 四是推动环保机构向县以下延伸，逐步建立覆盖农村的环境管理组织体系。
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