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畜禽养殖场卫生消毒是规模化养殖场兽医防疫卫生保健的重要环节之一。通过卫生消毒可保持养殖场内清洁卫生，降低场内病原体的密度，抵御外部病原菌的入侵，净化生产环境，建立良好的动物安全体系，这对于保障动物健康、减少疾病发生、提高养殖生产效益具有特别重要的作用。
在养殖场建设规划过程中应建造专门围墙和防疫沟，配备卫生消毒设施设备，消毒更衣室（沐浴更衣室）应建在养殖场生产区大门旁，以供本场生产人员进场消毒或更衣。室内应有更衣柜、消毒洗手池，安装紫外线灯管。有条件的场可设立沐浴更衣室，供员工入场沐浴后换穿场内专用工作服和鞋。入场消毒通道地面应建有消毒池并装有旋转门，以供本场工作人员进入生产区时消毒用。在大门入口处应备有大型消毒池，以供本场车辆出入生产区时消毒用。大型消毒池建于生产区大门处，其规格一般为：宽度应与大门同宽，长度应为最大车轮周长的1.5倍，深度不少于10厘米。池顶可修盖遮阳棚，池四周地面应低于池沿。车间入口处应建小型消毒池，以供人员出入畜禽舍时消毒双脚，一般建于圈舍大门处，其规格多与圈舍内走道等宽，长度以人不能跃过即可，深度不少于10厘米。
畜禽养殖污染是畜禽养殖过程中不可避免的“副产品”，大量资料和数据表明，畜禽污染已经成为我国主要污染源之一，《畜牧法》和《畜禽养殖污染防治管理办法》规定畜禽养殖场配套建设粪污处理设施须“三同时”，《畜禽养殖业污染物排放标准》、《畜禽养殖业污染防治技术规范》等标准中对畜禽养殖场污染物排放和处理设施的建设进行了详细规定。
作为畜禽养殖场的配套设施或工程，畜禽粪污处理场不得在以下区域建设：（1）生活饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区及缓冲区；（2）城市和城镇中居民区、文教科研区、医疗等人口集中地区；（3）县级人民政府依法划定的禁养区域；（4）国家或地方法律、法规规定需特殊保护的其他区域。作为畜禽养殖中污染程度最高、生物危险性最大的环节，其在畜禽养殖场中的布局应位于养殖生产区的常年下风向，地势低洼处，处理区域须单独设置出入大门。
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