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保护湖水首先禁止污染物排入，其次做好湖水的使用规划和周边用地的规划工作，周边不要设立易产生污染物的建筑如食堂等，再有做好管理工作，并定期清淤及补充新水，最后种植一些能净化水质的水生植物。
湖泊是我国重要的自然资源，具有提供水源、养殖水产、维护生物多样性、净化水质等重要的生态服务功能，对支持湖泊流域经济社会发展发挥着重要作用。湖泊环境保护直接关系到湖泊流域居民的生产、生活，关系到湖泊流域的可持续发展，关系到国家生态安全，是环境保护工作的一项重要任务。可采取以下措施保护湖水。
1、全面、系统地开展流域综合治理。首先是确立科学、系统的综合治理思路。坚持从湖内治理为主向全流域保护治理转变，从专项治理向系统的综合治理转变，以专业部门为主向上下结合，各级各部门密切协同治理转变，从工程治理为主向工程治理和生态修复相结合转变。其次是坚持规划引导。
2、紧紧依靠科技进步和科学的方法治理面源污染。对农业面源污染进行全面监测和综合分析，对主要入湖河道水质进行监测。
3、坚持因地制宜、积极探索体制机制的创新。创建了农村垃圾清运模式（农户交费、政府补助、市场化运作），告别长期以来垃圾入湖的生活习惯。针对地方财政不足的现实情况，创新投融资体制，建立按财政增长比例增加对环保投入的机制。
1、要按照全面规划、合理利用、综合治理的原则保护和治理湖泊，恢复并发挥湖泊的功能。管理湖泊的有关部门如果只从本部门的利益出发，忽视湖泊生态系统的整体性，将导致资源的衰减，并引起诸多矛盾。
2、如围垦湖泊、截走入湖径流、超量引用湖水、超标排放污水，势必降低湖泊的总体功能，恶化生态环境。特别是干旱地区的湖泊，换水周期长，如超量引用湖水，使湖水干涸，后果将十分严重。
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