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1、畜禽进场前对畜禽舍消毒采用烟熏消毒用“烟客”，消毒池用含氯的“消毒灵”或复合酚的“农尔乐”（有气味），或用没有腐蚀性的含碘消毒剂“快碘”“博赢特”等。
2、喷雾消毒：科学选用含碘、含氯、癸甲溴铵类都可以。
3、带鸡喷雾消毒：科学选用含碘、癸甲溴铵类（如快碘、博赢特、博赢安）。
4、手术消毒首选：苯扎溴铵溶液、碘酊+酒精、含碘消毒剂
5、器具消毒：物理高温灭菌、含碘消毒剂、苯扎溴铵、癸甲溴铵等。
6、场地消毒：物理高温--火焰喷枪、火碱、生石灰、甲醛等
7、种蛋消毒：烟熏法选“烟客”，浸泡法选--高锰酸钾、含碘（快碘）、癸甲溴铵（百毒杀、博赢安）等。
8、饮水消毒：含碘（快碘、博赢特）、癸甲溴铵（百毒杀、博赢安）、含氯制剂、高锰酸钾等，对水消毒30分钟后给畜禽饮用方可。
好消毒剂的挑选试验：
1、烟熏消毒剂---找潮湿有霉菌的地下室，烟熏消毒后没有霉菌的（证明有效）是好消毒剂。
2、化学方法：有效的***含碘的消毒剂放入稀饭（淀粉液）后变蓝色证明含碘，无效的***不变色或变红色证明是假消毒剂中添加色素。
3、人体试验：含碘（聚维酮碘--快碘、复合碘---博赢特等）、癸甲溴铵，按比例配温水浸泡有脚气的脚，每次10-15分钟，连用5-7天，能治脚气的是有效的，（脚气是由真菌引起的，能杀灭真菌，别的细菌基本都会杀灭）不能治脚气的是无效的。
养殖场消毒程序及消毒要点
一、人员消毒
工作人员进入生产区净道和畜禽舍要经过洗澡、更衣、紫外线消毒。养殖场一般谢绝参观，严格控制外来人员。
有条件的养殖场，在生产区入口设置消毒室，在消毒室内洗澡、更换衣物，穿戴清洁消毒好的工作服、帽和靴经消毒池后进入生产区。消毒室经常保持干净、整洁。工作服、工作靴和更衣室定期洗刷消毒，每立方米空间用42毫升福尔马林熏蒸消毒20分钟。工作人员在接触畜群、饲料、种蛋等之前必须洗手，并用1:1000的新洁尔灭溶液浸泡消毒3～5分钟。
二、环境消毒
畜禽舍周围环境每2～3周用2%火碱消毒或撒生石灰一次，场周围及场内污水池、排粪坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒一次。在大门口畜禽舍人口设消毒池，使用2%火碱或5%来苏儿溶液，注意定期更换消毒液。每隔1～2周，用2%～3%火碱溶液（氢氧化钠）喷洒消毒道路；用2%～3%火碱，或3%～5%的甲醛或0.5%的过氧乙酸喷洒消毒场地。
被病畜禽的排泄物和分泌物污染的地面土壤，可用5%～10%漂白粉溶液、百毒杀或10%氢氧化钠溶液消毒。停放过芽抱所致传染病（如霍乱、炭疽、气肿疽等）病畜禽尸体的场所，或者是此种病畜禽倒毙的地方，应严格加以消毒，首先用10%～20%漂白粉乳剂或5%～10%优氯净喷洒地面，然后将表层土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉并与土混合，将此表土运出掩埋。在运输时应用不漏土的车以免沿途漏撒，如无条件将表土运出，则应加大漂白粉的用量（1平方米面积加漂白粉5千克），将漂白粉与土混合，加水湿润后原地压平。
三、畜禽舍消毒
每批畜禽只调出后要彻底清扫干净，用高压水枪冲洗，然后进行喷雾消毒或熏蒸消毒。据试验，采用清扫方法，可以使畜禽舍内的细菌减少21.5%，如果清扫后再用清水冲洗，则畜禽舍内细菌数即可减少54%～60%。清扫、冲洗后再用药物喷雾消毒，畜禽舍内的细菌数即可减少90%。
用化学消毒液消毒时，消毒液的用量一般是以畜禽舍内每平方米面积用1～1.5升药液。消毒时，先喷洒地面，然后墙壁，先由离门远处开始，喷完墙壁后再喷天花板，最后再开门窗通风，用清水刷洗饲槽，将消毒药味除去。在进行畜禽舍消毒时，也应将附近场院以及病畜禽污染的地方和物品同时进行消毒。
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