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畜禽粪便污水处理的基本原则有以下几点：
(1)采用用水量较少的清粪工艺——干清粪工艺使干粪与尿污水分流，最大限度地保存粪便的肥效，减少污水量以及污水中污染物的浓度，降低废水处理难度及成本。
(2)走种养结合的道路
要想从根本上解决畜禽粪便污染问题，就必须将现代化、规模化养殖业与种植业相结合，那种单纯依靠终端治理的思路，无论是在经济上还是技术上都不堪承受。污水经过处理净化后可以灌溉农田、蔬菜、果园、草地，用来养鱼等，是宝贵的肥料资源。多余的污水经过消毒处理后也可用于冲洗畜舍。畜禽养殖场应该尽量做到污水零排放。
(3)对于养殖场规模小、土地允许的偏选区，尽量采用自然生物处理法
实现干粪工艺后，其污水处理可以充分利用当地的自然条件和地理优势，利用附近废弃的沟塘、滩涂，采用投资少、费用低的自然还能给我处理法，同时要避免二次污染。
(4)对于大中型养殖场，特别是水冲粪养殖场，必须采用厌氧消化为主、配合好氧处理和其他生物处理的方法此类养殖场废水浓度高，化学需氧量浓度一般在10000毫克／升以上，单纯采用好氧法处理必须稀释和曝气，耗能多且费用太高，一般企业难以承受。而采用厌氧消化处理，能将废水的化学需氧量去除80%以上。处理后的水可以用于灌溉，多余的废水再经过氧化塘的好氧处理，基本可以达到排放标准。
(5)对农村经济比较发达的地区，农业生产已经形成规模和专业化经营的自然村，可以实施以村为单位修建大中型沼气工程这样不仅可以促进畜禽场本身生态环境趋向良性循环，而且可以使畜禽场走向以畜禽为主的多种经营的发展道路，形成规模效益。
总之，污水经过厌氧、好氧、土壤、微生物、植物处理后达到排放标准或厌氧处理后用于渗灌施肥兼污水处理的方法，其运行方式投资少、费用低，易于还肥于田，并为有机农业、高效农业的发展奠定了基础，是目前较有实用价值、值得推广的处理方法之一。
畜禽养殖污染是畜禽养殖过程中不可避免的“副产品”，大量资料和数据表明，畜禽污染已经成为我国主要污染源之一，《畜牧法》和《畜禽养殖污染防治管理办法》规定畜禽养殖场配套建设粪污处理设施须“三同时”，《畜禽养殖业污染物排放标准》、《畜禽养殖业污染防治技术规范》等标准中对畜禽养殖场污染物排放和处理设施的建设进行了详细规定。
作为畜禽养殖场的配套设施或工程，畜禽粪污处理场不得在以下区域建设：
（1）生活饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区及缓冲区；
（2）城市和城镇中居民区、文教科研区、医疗等人口集中地区；
（3）县级人民政府依法划定的禁养区域；
（4）国家或地方法律、法规规定需特殊保护的其他区域。
作为畜禽养殖中污染程度最高、生物危险性最大的环节，其在畜禽养殖场中的布局应位于养殖生产区的常年下风向，地势低洼处，处理区域须单独设置出入大门。
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