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1、培养基质蔬菜无土栽培涉及的栽培基质种类相对较多，来源不同，各基质理化性质不统一，使用中需进行有效配置和科学消毒。 2、环保蔬菜无土栽培技术对培养环境要求较高。 应尽快研究和开发符合中国国情的蔬菜无土栽培环境调控系统。
3、病虫害防治蔬菜病虫害是无土栽培的关键环节，尤其是做好蔬菜根部病虫害防治。 在无土栽培中，营养液循环流经整个栽培系统，一旦病菌侵入营养液中，循环系统作用于所有菜根，加速病虫害的传播。 在整个培养系统中，如果某个蔬菜植株个体发生病害，有可能被全灭。 培养设备的卫生消毒工作和有效防治药物的开发，是今后蔬菜无土栽培产业发展的重要环节。 4、人管蔬菜的无土栽培产业与传统蔬菜栽培产业相比有很大不同，它不是普通的蔬菜栽培，而是工业、科技、农业有效结合的新型生产技术，对生产者有很高的技术要求和素质要求。 目前，掌握蔬菜无土栽培技术的专家很少，制约了无土栽培技术的推广。
5、按经济效益管理蔬菜水培需要投入较高的成本，需要对整个环境进行精细化控制，生产的水培蔬菜价格相对较高，在沿海发达地区和旅游发达、经济条件较好的大中型城市有较好的收益； 但在部分三线、四线城市，价格因素会在一定程度上影响销量。 在今后蔬菜水培产业的发展中，需要营造良好的市场环境，科学调整产业整体走向，以提高经济效益，降低生产风险。
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