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有机肥使用越来越多，种植土壤时施用有机肥有改善土壤、增加有机质的作用。 蚯蚓粪、秸秆、牛粪、菌棒等，也可作为无土栽培基质，不仅价格低廉，而且效果好。 但使用中粪肥烧根、烧苗等问题也很多，给农户造成了损害。
例如，有的农户以秸秆、牛粪为基质种植黄瓜，但有些幼苗定植后大部分都死了，没有生根。 有些农户在大棚里用鸡粪、羊粪，但也有死苗不生根的情况，尤其在夏秋高温期更为常见。 这些情况主要是肥料没有发酵或发酵不充分造成的，并非这些有机肥不能使用。 粪肥在使用时，必须注意两个方面。
1、肥料在使用前必须充分腐熟。 粪便晒干、自然发酵种苗，也有一定风险，最好加入发酵剂腐熟。 发酵剂中含有多种复合菌类，有利于秸秆粪便充分腐烂。 它不仅能提高发酵速度，还能杀灭病虫草籽，腐烂更充分，有利于蔬菜生长，避免定植后烧苗。 原料中加入水和发酵剂混合，堆积，顶部覆盖塑料袋，周围无需严密覆盖。 升温后，翻转一次与空气接触。 等到臭味消失，体积变小，这也是发酵完成的信号。 或者将发酵剂和黑糖混合后放入原料中发酵，腐败的效果就会变好。 无土栽培制成基质，农户也按此方法处理。
2、未完全腐熟的有机肥放入大棚时，蔬菜定植后会出现肥害，最明显的症状是烧根黄叶，及早发现，有缓解的机会。 在肥害发生的初期，必须准备修复，以促进根系的复发，减少死苗的损失。 例如，用生根剂冲洗，强制固定。 然后，使用海藻提取物，促进新根的生长，调节地上部分的生长，提高抗逆性。 蔬菜出现黄叶，叶面喷施碧护和叶面肥，在促进叶片生长的同时，再次促进生根。
现在不栽培蔬菜和水果。 很多农家朋友使用有机基质，降低栽培成本。 例如使用牛粪作为栽培基质，成本较低。 但对初学者来说，牛粪直接种苗会有问题，需要充分发酵后再使用。 出现肥害后，必须采取补救措施。 因此，无论是作为有机肥还是栽培基质，秸秆粪便在使用前都必须充分腐熟。
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