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在捕捞鲻鱼苗的同时，常常捕有大量的尖头鲻苗、鲈鱼苗和其他杂鱼苗，为了获得纯净的鲻鱼苗，必须对各种鱼苗进行鉴别。
从形态上看，鲻鱼苗与鲈鱼苗和其他鱼苗较容易区分。鲻鱼苗体格匀称，“眼小，背黑腹白游泳迅速。鲈鱼苗体短而扁，体色淡黄带黑点，游泳缓慢。
在广东，所捕获的，鲻鱼苗更多的是与尖头鲻苗混杂一起，由于两种鱼苗形态比较接近，较难分辨。根据渔民的经验，鲻鱼苗肉眼看起来体表比较光滑，尖头鲻苗比较粗糙；鲻苗的背部为银灰色，腹部为银白色，尖头鲻苗体色为青灰色。
在网箱中，当轻轻地把网箱的一侧提起，鲻鱼苗能够迅速游往网箱的另一侧，而尖头鲻则贴在网片上，由此可以对两种鲻鱼苗进行鉴别。
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