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最近，日本农业林业渔业部( MAFF )在正式声明中表示，日本对转基因大豆和油菜进行了15年的研究，但至今没有迹象表明转基因大豆和油菜会对周边地区的生物多样性产生什么样的影响。
日本从2006年到2020年，调查了转基因大豆和油菜的生长状况，及其生长地区是否存在与其相关物种杂交的情况。 关于大豆，MAFF研究小组在转基因大豆和野生大豆存在的地方进行了调查，转基因大豆和野生大豆被认为是“能够与转基因大豆杂交的密切相关物种”。 调查了距离转基因大豆栽培点半径约5公里的地区，使用植物的叶子进行了分析。 研究人员分析了已知存在于转基因大豆中的除草剂抗性基因和害虫抗性基因，但未观察到转基因大豆与野生大豆之间的杂交，也未观察到具有不同抗性的转基因大豆之间的杂交。
油菜方面，调查中观察到约19%的样品与转基因油菜相关，可向不同基因或相关密切的其他非转基因物种传播转基因基因，但基于遗传交叉率评估，非转基因物种的正常交叉率为5%-30%
日本是世界上最大的转基因食品进口国之一，有200多种转基因食品或食品添加剂获得批准。 2019年，日本卫生劳动福利部( MHLW )旗下的专家组宣布，将允许转基因食品(特别是使用基因编辑技术制造的食品)在日本上市。 然而，尽管转基因食品得到了政府的认可，但日本民众对转基因食品仍存有疑虑，40%的女性和25%的男性认为食用转基因食品通常不安全，消费群体认为最近被认可的转基因食品过于轻率
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