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豆制品生产过程中产生的废水中泡豆水中杂质较多，洗涤设备使用的水能循环利用，大豆黄浆水中可回收成分含量较高，因此废水综合利用的研究对象主要是黄浆水。 黄浆水含有大豆乳清蛋白、多肽、低聚糖、异黄酮等有机成分，一般采用好氧或厌氧的方法消化废水，使其达到污水排放标准后再排放，但处理废水工序复杂，设备和运行成本高豆制品废水综合处理是对其有效成分的回收利用，回收后可明显降低废水COD、可溶性固形物含量及其他指标。 这样做能有效处理废水，对豆制品废水处理的投入有回报，一举两得。
大豆制品废水中的成分与碱溶酸沉法生产大豆蛋白所产生的大豆乳清废水的成分极为相似，其主要成分均为水溶性好的糖和未沉淀的蛋白质。 大豆制品废水的处理方法也可参考大豆乳清废水的处理方法进行。 黄浆水是一种高浓度的有机废水，但原料浓度增大后处理效率会提高。 也有人采用二级纳滤和反渗透工艺模拟处理大豆乳清废水，经过二级纳滤后的渗透液中不再含有大豆蛋白质，溶液中的大部分NaCl可以渗透纳滤膜，从而有效地浓缩和除盐大豆乳清废水，得到了此外，还有人用冷冻浓缩处理豆腐废水。 三步冷冻浓缩可将豆腐废水中可溶性固形物含量从1.9Brix提高到15.5Brix，在保留了大部分功能性成分的基础上，有效地浓缩了废水。
豆制品废水采用多级冷冻浓缩预处理，可以提高大部分功能性成分的保留效率。 采用膜分离和絮凝等技术，可从大豆制品废水中分离出大豆乳清蛋白、大豆低聚糖、大豆异黄酮等产物。 豆制品废水中加入微生物所需营养物质再灭菌后，制成微生物培养液，可培养微生物得到菌体或副产物。
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