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定义不同：微生物菌剂是目标微生物经过工业化生产扩繁后，再利用多孔物质吸附菌体发酵液加工制成的活菌制剂。生物有机肥是使用特定功能微生物和动植物残体为来源，再将其通过无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的具有微生物肥料和有机肥效应的肥料。特点不同：微生物菌剂没有养分，它是微生物载体。生物有机肥的养分非常齐全，有机质含量高。
一、定义不同
1、微生物菌剂：微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）通过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质吸附菌体发酵液加工制作而成的活菌制剂。
2、生物有机肥：生物有机肥是指特定功能微生物和主要以动植物残体（比如畜禽粪便、农作物秸秆）为来源同时经过无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类具有微生物肥料和有机肥效应的肥料。
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二、特点不同
1、微生物菌剂：本身不具备养分，它是作为微生物的载体，通过微生物的生理代谢活动促进土壤中的化肥、有机肥、矿物质养分的释放。
2、生物有机肥：养分齐全，有机质含量高，可为作物提供多种营养。
三、作用不同
1、微生物菌剂：可分解土壤中不能被作物直接吸收的营养元素，提高肥料的利用率，减少资源浪费。
2、生物有机肥：能缓解长期使用化肥造成的土壤板结，改善土壤理化性状，其中的有益微生物可抑制有害病原菌的繁衍。
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