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黄鳝的繁殖季节较长，约在5—8月，盛期为6—7月，卵生，一般在所栖息水域的岸边产卵，有时也产于水生植物或被水淹没的乱石间。产卵时，雌鳝先在洞口外水面吐出一团泡沫，然后把卵产于泡沫之间，卵分批产出，受精卵借助泡沫的浮力在水面发育和孵化。雌雄亲鳝均有护卵习性。
刚孵化出的鳝苗长13毫米，出生后一周年，体长达到25厘米左右时即达性成熟，怀卵数依个体的大小而异，一般200—800粒，个体大的黄鳝产卵数可达1000粒。
从重量上看，黄鳝体重在25克至50克的，卵量较多，颗粒较小，每条每年产卵200—400粒，最多产1000粒；体重在75克左右的，不仅卵量多，颗粒大，且饱满发亮，金黄色，有弹性；体重100克左右的黄鳝卵巢较小；体重在125克以上的无卵。
雌鳝两侧的卵巢是不对称的，左侧发达，右侧退化，成熟的卵呈金黄色，相对密度比水稍大，无粘性，孵化时间较长，约150小时出膜。
黄鳝在生理上有一个奇特的现象，就是雌雄同体和性逆转，即在没有外加因素的情况下，黄鳝能自身由雌性变雄性。
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