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福寿鱼的性成熟早，繁殖过剩，导致妨碍群体生长，在预定的养殖时间内往往达不到应有的商品规格。
遗传手段种群控制我国现在主要推广的是尼罗福寿鱼的雌鱼与奥利亚福寿鱼的雄鱼杂交的后代－奥尼鱼，其特点是雄性率高，有效地控制繁殖力，加上其杂交种优势，具有生长速度快，耐低温，群体产量高、较易起捕等特点。
非遗传手段控制福寿鱼种群1.利用雄性激素诱导使之成为功能上的雄鱼
为了避免福寿鱼的繁殖，现养殖多采用口服雄性激素处理福寿鱼鱼苗、诱导其遗传上的雌鱼转换为功能上的雄鱼。
接受药物处理的福寿鱼鱼苗，规格大小是诱导性转换成败的关键，应用的鱼苗必须在性分化期前（包括性分化期），若在性分化后的鱼苗则无效。
福寿鱼鱼苗在孵出后第10-25天内，即全长7-11毫米时，成功率最高，雄性化饲料投喂天数以不超过一个月为宜。
现在有些饲料厂家极力推出全程全雄料是对养殖户和消费者极不负责任的做法。一是雄性化料在养殖后期对性诱导不起作用。二是全程雄性化料导致鱼暴发性鱼病的机率增大。三是雄性激素在鱼体的积蓄，对消费者的身体造成危害。
2.混养捕食性鱼类，吞食性福寿鱼的幼鱼
在福寿鱼养殖中，可适当搭配肉食性鱼类，可搭配3-5尾乌鳢、白鲳等。但搭配乌鳢池塘不能使用FeSO4，搭配白鲳的鱼池不能使用敌百虫、敌敌畏、孔雀石绿。
3.筛选雄性鱼种饲养
在养殖初期可进行人工选雄鱼养殖，这样做一是雌性苗种浪费，二是费工费时，鱼体易受伤。
4.网箱养鱼，池塘高密度放养
在网箱中养福寿鱼能有效限制其繁殖力；在高密度池塘养殖情况下，繁殖的幼鱼被大规格鱼种或成鱼吞食，有一定效果。
5.捞取小鱼苗
在投放的二龄鱼种的池塘，在福寿鱼产出小苗的季节，随时沿池塘边捞出小鱼苗。
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