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鳗鱼真菌病主要有水霉病、鳃霉病两种，其病原体水霉菌和鳃霉菌属于真菌类微生物。它们在自然水域中广泛存在，为条件病原菌，通过孢子传播，营腐生生活；喜偏酸性水质，水温13-18℃是霉菌孢子最适宜的感染温度；冬春季节最易流行，死亡率也较高。水霉以“伤口寄生”著称，通常未受伤的健康鳗鱼不易感染。感染初期肉眼看不到症状，当肉眼可见时，内菌丝已深入肌肉蔓延扩散，促使组织坏死；外菌丝向外生长呈棉絮状附在鳗鱼体上即通常所指的“生毛”。日本人称之为“棉冠病”。鳗鱼感染后多见于头部、尾部和背鳍处，诊断此病时通过镜检可与类枝虫病或钟形虫病相区别。鳃霉主要危害幼鳗鳃丝，被感染的鳗鱼鳃呈浅白色并带污泥，镜检鳃丝可见霉菌丝，在水质较差的鳗塘中更易发生。
根据病原体喜寄生在鳗体受伤部位，在水温、pH较低的水质中繁殖快的特点，我们应该有针对性地做好预防工作：①避免鳗体受伤包括冻伤、机械损伤和寄生虫叮咬所伤。
②改变或调整投喂时间和方式，注意防冻保暖。
③适当使用生石灰等，调节并改良池塘水质。
④若鳗鱼已发生细菌性疾病如红鳍病等，要及时医治，防止真菌继发感染。
目前市场上还没有很理想的防治鳗鱼真菌病的药物。以前常用的孔雀石绿因毒性大，已被国家列为禁用药。下面介绍几种亡羊补牢的防治方法供参考：
①用食盐和小苏打合剂全池泼洒。
②用过氧乙酸类消毒剂全池泼洒。必须再提醒的是：治疗鳗鱼真菌病如果先使用抗生素，可能还会加剧病情恶化。
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