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大闸蟹无公害养殖不宜多用药物，特别是高毒、高残留药物要禁用。在治病上应做到对症下药，综合治疗，对不能确定病症的大闸蟹不能乱下药，以免造成药害。
1.烂鳃病：病蟹腹部及附肢腐烂，肛门红肿，活动迟缓，摄食量下降，导致死亡。防治：在大闸蟹捕捞及运输过程中防止创伤；泼洒新鲜生石灰，使池水浓度成15微升/升，每7天一次，连续2~5次。
2.水肿病：病蟹腹部、腹脐及背壳下方肿大透明，匍伏边缘，停止摄食，最后在周边浅水处死亡。防治方法，用0.5~1微升/升土霉素或呋喃西林遍池泼洒；按每千克蟹用0.1~0.2克土霉素或红霉素，拌饵投喂，每7天为一疗程。
3.蜕壳不遂病：病蟹背甲后缘与腹部交界处出现裂缝，因不能蜕去旧壳而死亡。防治方法：每立方米水体用10克左右生石灰化浆遍池泼洒，在饲料中添加甲壳素和蜕壳素。
4.纤毛虫病：病蟹体表长满许多棕色或黄绿色绒毛，行动迟缓，数天内大量死亡。防治方法：换水或加注新水，保持水质清新；用10微升/升福尔马林泼洒消毒。
5.聚缩虫病：蟹体污物较多，蟹脐内有白色点状虫体，病蟹活动及摄食能力逐渐减弱，导致死亡。防治方法：用5~10微升/升福尔马林全池泼洒。
6.蟹奴寄生病：蟹奴寄生存蟹的腹部，以吸收蟹的体液为生。蟹奴寄生严重的病蟹肉味恶臭，不可食用。防治方法：发现蟹奴寄生，可用0.5微升/升的硫酸铜和0.2微升/升硫酸亚铁混合剂遍池泼洒。
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