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其实，大黄鱼与小黄鱼外形虽相似，但有各不相同的形态特征。大黄鱼，体长椭圆形侧扁，一般体长30厘米～40厘米，尾柄细长，其长度为高度的3倍多。它的头大而侧扁，背侧中央枕骨棘不明显。颏部有4个不明显的小孔，背鳍和臀鳍的鳍条基部三分之二以上披小圆鳞，背鳍起点在胸鳍的上方。
小黄鱼，体长圆形，侧扁,尾柄长为其高的2倍。头大，口宽而倾斜，上下颌略相等。下颌无须，颏部有6个细孔。上下颌具细牙，上颌外侧及下颌内侧牙较大，但无犬牙；腭骨及犁骨无牙。头及身体被栉鳞,鳞较大，侧线上鳞5～6个;背鳍及臀鳍鳍条膜上有2/3以上被小圆鳞。臀鳍鳍条少于10。鳔侧管2小分支平行但不相等，呈一长一短管状。
大黄鱼、小黄鱼虽同属石首科鱼类。但大黄鱼属黄鱼属、而小黄鱼属小黄鱼属。大黄鱼是暖水性近海鱼类，通常生活在浅海区域的中下层，而小黄鱼为近海中下水层鱼类。大黄鱼肉细嫩鲜美，每百克肉含蛋白质17.6克，脂肪0.8克；小黄鱼肉质坚实，口感粗为蒜瓣肉，不如大黄鱼的肉鲜美，每百克鱼肉含蛋白质19.3克、脂肪3.2克。
这两种鱼都有药用价值，大黄鱼的耳石有清热去瘀活血的作用；小黄鱼的鱼鳔可治产后腹痛，同样大黄鱼的鱼鳔有润肺健脾的作用，小黄鱼的鱼肉主治肾炎浮肿。因此，不能把小黄鱼误认为大黄鱼。且这两种种鱼的市场价格悬殊很大，目前宁波市场一条500克以上野生大黄鱼每500克价60元～80元，人工养殖大黄鱼每500克价35元～38元，而一条500克以上的小黄鱼每500克价仅10元～12元，差价好几倍。
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